Kemudian, ia menjadi Direktur Analis Pemutus Jaringan Internasional BNN pada 2016.
Jabatan itu diemban Karyoto selama dua tahun sebelum akhirnya menjadi Analis Kebijakan Utama Bidang Pidkor Bareskrim Polri.
Setelahnya Karyoto dilantik menjadi Wakapolda Sulut menggantikan Brigjen Johni Asadoma.
Acara serah terima jabatan tersebut berlangsung di Aula Catur Prasetya Polda Sulut pada 29 Oktober 2018.
Hampir satu tahun di Sulut, Karyoto kemudian dimutasi menjadi Wakapolda DIY.
Pada April 2020, ia meninggalkan jabatannya sebagai Wakapolda DIY karena menjadi Deputi Penindakan di KPK, sebagaimana diberitakan TribrataNews Bantul.
Pelantikan Karyoto sebagai Deputi Penindakan KPK dipimpin langsung oleh pimpinan lembaga anti-rasuah pada 14 April 2020, di Auditorium Gedung Penunjang KPK.
Momen ini berbarengan dengan kenaikan jabatan yang diperoleh Karyoto, dari Brigjen menjadi Irjen.
Meski bertugas di KPK, status Karyoto masih sebagai anggota Polri.
Harta Kekayaan
Dilansir dari LHKPN 2024, harta kekayaan Irjen Karyoto mencapai Rp11.524.000.000.
1. Nama : KARYOTO
2. Jabatan : KEPALA KEPOLISIAN DAERAH METRO JAYA
3. NHK : 59102
II. DATA HARTA