Pada usia 12 tahun, ia memilih menjadi santri dan menyelesaikan pendidikan selama enam tahun di Pondok Pesantren IMMIM Putra Makassar pada tahun 1990.

Di pondok inilah, Misbahuddin banyak ditempa kemandirian.

Diberikan wawasan keilmuan dan menerima nilai-nilai diajarkan oleh almamaternya.

Kecintaannya terhadap ilmu pengetahuan membawanya melanjutkan pendidikan ke IAIN Alauddin Makassar.

Disana dia mengambil jurusan Peradilan Agama pada tahun 1990.

Selama kuliah, ia aktif dalam berbagai kegiatan kemahasiswaan.

Di antaranya, himpunan mahasiswa jurusan, senat mahasiswa fakultas dan sanggar seni Gedasi IAIN Alauddin Makassar, serta aktif pada kegiatan kemasyarakatan.

Termasuk sebagai Muballigh IMMIM, Pengurus MUI Makassar, Pengurus Kahmi Wilayah Sulsel.

Kemudian Pembina Kerukunan keluarga Mahasiswa Bulukumba, dan Anggota Dewan Pakar Asikopti hingga sekarang.

Pada 2000, Misbahuddin mempersunting perempuan Bulukumba bernama Andi Intan Cahyani, seorang teman sekelasnya di program Pascasarjana.

Saat ini, Andi Intan Cahyani adalah dosen pada Fakultas Syariah dan Hukum UINAM.

Mereka dikaruniai tiga anak.

Namanya, Muhammad Jauhari Mis’yan Misbahuddin, Yasmin Mutiara Mis’yan Misbahuddin, dan Reyhan Yuda Perkasa Mis’yan Misbahuddin.

Beberapa jenjang karir pernah dijabatnya.

Di antaranya, 2004-2007 Misbahuddin menjabat sebagai sekretaris jurusan Bimbingan Penyuluhan Islam pada Fakultas Dakwah dan Komunikasi UINAM.