Ia juga pernah menjadi dosen di Universitas Balikpapan (Uniba) sampai tahun 2006.

Pada 2006, Ustad Yahya Waloni pindah ke Kota Cengkeh, Tolitoli.

Di Tolitoli, dia mendapatkan bimbingan ikrar syahadat dari Ketua Majelis Ulama Indonesia (MUI).

Yahya Waloni pernah ditangkap kasus ujaran kebencian yang didasarkan Suku, Agama, Ras dan Antargolongan (SARA).

Ia ditangkap di rumahnya di Cibubur, Jakarta Timur, Kamis (26/8/2021).

Ceramah Ustaz Yahya dipersoalkan usai menyebut injil sebagai fiktif alias palsu.

Hal ini dianggap sebagai tindakan ujaran kebencian berdasarkan SARA.

Ustaz Yahya Waloni dianggap melanggar Undang-undang nomor 19 Tahun 2016 tentang Perubahan atas Undang-undang nomor 11 Tahun 2008 tentang Informasi dan Transaksi Elektronik (ITE).

Selain itu, dia diduga melanggar Pasal 45A jo Pasal 28 ayat (1) dan atau Pasal 156a KUHP.