Jumlah total anggota KPU sebanyak 53 orang dan dilantik oleh Presiden BJ Habibie. 

Pembentukan KPU ini mengingat desakan masyarakat yang menuntut pemerintahan yang demokratis. 

Sebab kepemerintahan dan lembaga-lembaga lain adalah produk Pemilu 1997 era orde baru yang sudah tidak lagi dipercaya oleh rakyat Indonesia. 

Sehingga Pemilu 1999 diadakan untuk memperoleh pengakuan atau kepercayaan masyarakat termasuk dunia internasional. 

Anggota-anggota KPU terdiri dari anggota sebuah partai politik, tetapi setelah dikeluarkan UU No. 4 Tahun 2000 maka anggota KPU wajib non-partisan. 

KPU periode 2001-2007 

Di era Presiden ke-4 RI Abdurrahman Wahid, perombakan struktur KPU melalui Keppres No. 70 Tahun 2001. 

Sebagai upaya perbaikan dari pembentukan KPU di era pemerintahan Presiden BJ Habibie. 

Akibatnya, terjadi pemangkasan struktur pejabat KPU yang sebelumnya beranggotakan 53 orang menjadi 11 orang saja. 

Anggota KPU terdiri dari unsur LSM dan akademisi. 

Tujuan pemangkasan anggota KPU ini supaya mekanisme kerja KPU dapat berjalan lebih efektif. Dibandingkan KPU sebelumnya dengan anggota yang berjumlah banyak. 

Pelantikan struktur KPU dilakukan pada 11 April 2001 dan dilantik secara langsung oleh Presiden Abdurrahman Wahid. 

Era Presiden ke-5 RI Megawati Soekarnoputri, dilakukan pembentukan tim seleksi anggota KPU. 

Pembentukan tim seleksi anggota KPU bertujuan untuk mengangkat kepengurusan KPU pasca perbaikan struktur KPU era Presiden Abdurrahman Wahid. 

Tim seleksi ini berfungsi membantu Presiden dalam menetapkan calon anggota KPU yang baru dan diajukan ke Dewan Perwakilan Rakyat untuk dilakukan pemilihan secara demokratis.