Ia ditahan lagi oleh Israel pada tahun 1988 dan dipenjara selama enam bulan.

Pada tahun 1989, ia dipenjara selama tiga tahun.

Setelah dibebaskan, ia tidak menghentikan aktivitas perlawanannya. Bersama beberapa pemimpin senior Hamas dan 400 aktivis lainnya, ia diasingkan ke Lebanon.

Justru selama keberadaannya di Lebanon, Hamas menerima liputan media yang belum pernah terjadi sebelumnya dan menjadi
terkenal di seluruh dunia.

Sekembalinya di Gaza, ia dipercaya menjadi dekan di Universitas Islam Gaza.

Kedekatannya dengan Ahmed Yassin, pendiri Hamas, membuatnya dipercaya mengepalai kantor Ahmed Yassin, sejak 1997.

Gugurnya Ahmed Yassin pada tahun 2003 melalui serangan Israel membuatnya diangkat menjadi pemimpin tertinggi Hamas.

Di bawah kepemimpinannya, Hamas memenangkan pemilihan legislatif Palestina pada tahun 2006 dan ia menjadi Perdana Menteri Negara Palestina, namun, Presiden Otoritas Palestina Mahmoud Abbas memecatnya pada tahun 2007 karena desakan Israel.

Israel menuduh Perdana Menteri Haniyeh saat itu menganut perjuangan bersenjata melawan Israel.

Kementerian Luar Negeri Israel mengutip pernyataan Haniyeh, "Kami berkonsentrasi pada politik tetapi tidak meninggalkan senjata kami.”

Haniyeh mempimpin Hamas sampai 2017, setelah itu ia digantikan oleh Yahya Sinwar, seorang komandan militer Hamas berpangkat tinggi.

Pada tanggal 6 Mei 2017, Haniyeh terpilih sebagai ketua biro politik Hamas, menggantikan Khaled Mashal.

Kerap mendapat percobaan pembunuhanoleh agan-agen Israel, ia kemudian meninggalkan Gaza dan tinggal di pengasingan sejak 2019 di Qatar.

Pasca operasi Badai al-Aqsa 7 Oktober 2023, Haniyeh menggunakan kantor politiknya untuk membela operasi perlawanan Palestina terhadap pendudukan ilegal Israel.

Ia tampak melakukan sujud syukur di tempat kediamannya di Doha bersama pemimpin Hamas lainnya setelah ia menyaksikan melalui layar kaca keberhasilan sayap militer Hamas menjebol pertahanan Israel.