Kejadian ini terjadi pada 11 Agutus 2008, John Kei bersama adiknya, Tito Refra, ditangkap oleh aparat polisi dari Brimob dan Densus 88 di Desa Ohoijang, Kota Tual, Maluku Tenggara (Kompas edisi 12 Agustus 2008).
Mereka diduga menganiaya dua pemuda, yakni Charles Refra dan Remi Refra, di Maluku. Jari kedua pemuda itu putus akibat penganiayaan tersebut.
Saat itu, rencana persidangan akan digelar di Maluku. Namun, karena ada ancaman dari para pendukung John, akhirnya sidang digelar di Pengadilan Negeri Surabaya (Kompas.com, 23 Februari 2012).
John dan Tito akhirnya harus hidup di balik bui. Keduanya divonis delapan bulan penjara oleh Pengadilan Negeri Surabaya.
3. Peristiwa "Ampera Berdarah"
Dalam peristiwa ini, loyalis-loyalis John Kei yang membuat keributan.
Pada 4 April 2010, massa Kei bentrok di klub Blowfish dengan massa Thalib Makarim dari Ende, Flores. Dua anak buah John tewas.
Perseteruan antara massa dari Flores dengan loyalis John kembali terjadi saat persidangan kasus Blowfish digelar di Pengadilan Negeri Jakarta Selatan pada tanggal 29 September 2010.
Pada bentrok yang disertai dengan suara tembakan dan dikenal dengan peristiwa "Ampera Berdarah" itu, dua anggota kelompok John Kei tewas dan seorang sopir Kopaja juga turut menjadi korban.
Saat itu, adik John, Tito, mendapatkan luka tembak di dada dan nyaris masuk ke jantung. Namun, Tito berhasil selamat.
4. Pembunuhan pengusaha Ayung
John Kei kembali berurusan dengan aparat dalam kasus pembunuhan pengusaha Tan Harry Tantono alias Ayung di dalam kamar 2701, Swiss-Belhotel, Jakarta Pusat, pada 26 Januari 2012.
Ayung tewas dengan 32 luka tusukan di pinggang, leher, dan perut.
John Kei diduga menjadi dalang dalam pembunuhan Ayung. Dia ditangkap pada 17 Februari 2012.
Berdasarkan hasil reka adegan yang dilakukan jajaran Polda Metro Jaya, John Kei diketahui berada di dalam kamar Ayung saat pembunuhan terjadi.