Dia dirawat hingga sembuh.
Tapi kakinya terpaksa diamputasi, mengingat luka tembaknya sudah membusuk.
Agus Hernoto masih hidup hingga Irian Barat akhirnya jatuh ke tangan Indonesia.
Kabar buruk dari petinggi
Kabar buruk kemudian menghampiri.
Pada akhir 1964, diadakan sebuah pertemuan perwira RPKAD membahas penghapusan tentara cacat dari RPKAD.
Agus Hernoto termasuk di dalamnya.
Keputusan penghapusan itu sempat diprotes atasan Agus, Benny Moerdani.
Alih-alih mendapat persetujuan, Benny justru dimutasi ke Kostrad karena dianggap membangkang.
• 8 Protokol Kesehatan PSSI Jika Liga 1 & Liga 2 Kembali Dilanjutkan, Ketat! Jumlah Penonton Stadion
Sementara Benny Moerdani dipindahkan, Lettu Agus Hernoto tetap dikeluarkan dari RPKAD.
Sekeluarnya dari Kopassus, sang Kopassus legendaris sempat bergabung dengan Resimen Tjakrabirawa atau Pasukan Pengawal Presiden RI Soekarno.
Dijelaskan dalam buku 'Bagimu Negeri, Jiwa Raga Kami' karya Bob Heryanto Hernoto, Agus kemudian ditarik Benny Moerdani untuk bergabung di unit intelijen Kostrad.
Sejak itulah, Agus melanjutkan karier militernya di dunia intelijen.
Mengutip dari Kompas.com, Agus dan Benny lalu bergabung dengan Operasi khusus (Opsus) yang dipimpin oleh Ali Moertopo.
Keduanya bertanggung jawab langsung kepada Presiden Soeharto.