Zainut Tauhid kemudian mencoba untuk mencalonkan diri menjadi wakil dari PPP di pemilihan umum.
Pada Pemilu 1999, Zainut Tauhid gagal namun pada pemilu 2004, Zainut Tauhid berhasil menjadi wakil dari PPP sekaligus menerima amanah sebagai wakil rakyat.
Pada 2009-2014, Zainut Tauhid bertugas di Komisi VIII yang membidangi agama, pemberdayaan perempuan dan sosial.
Zainut Tauhid pernah dipercayai sebagai pengawas dan menjabat sebagai Anggota Lembaga Sensor Film periode 2009-2012 dan juga sebagai Wakil Sekretaris dari Badan Pelaksana Harian Dewan Syariah Nasional - Majelis Ulama Indonesia (DSN-MUI) periode 2010-2015.
Baca: Jenderal Purn Fachrul Razi Beberkan Alasan Jokowi Memilihnya Jadi Menteri Agama: Isu Ustadz Radikal
Zainut Tauhid juga kembali menjadi Anggota DPR RI periode 2014-2019.
Berikut ini riwayat karier Zainut Tauhid;
Wakil Menteri Agama Kabinet Indonesia Maju, sejak 2019
Anggota DPR periode 2004-2009, 2009-2014 dan 2014-2019
Anggota DPR periode 1997 - 1999
Universitas Satyagama, Jakarta, sebagai: Pembantu Dekan II. Tahun: 1992 - 1993
STISA Jakarta, sebagai: Pembantu Dekan III. Tahun: 1990 - 1996
Sekolah Aliyah Al-jihad Jakarta, sebagai: Wakil Kepsek. Tahun: 1986 – 1992
Dewan Pimpinan MUI Pusat sebagai: Wakil Sekretaris Umum.. Tahun: 2010 - 2015
PP.IPNU, sebagai: Wakil Sekretaris. Tahun: 2007 - 2012
DPP. PPP sebagai: Wakil Sekjen. Tahun: 2007 – 2012
Dewan Pimpinan MUI Pusat, sebagai: Wakil Sekretaris. Tahun: 2005 - 2010
PP.IPNU, Sebagai: Wakil Sekretaris. Tahun: 2003 – 2007
DPP. PPP sebagai: Wakil Sekjen.. Tahun: 2003 - 2007
Dep. Pemuda DPP PPP, sebagai: Wakil Ketua. Tahun: 2000 – 2003
PP. IPNU, sebagai: Ketua Umum. Tahun: 1998 - 1992
MPI DPP KNPI, sebagai: Anggota. Tahun: 1993 – 1996
PP. IPNU, sebagai: Ketua Umum. Tahun: 1992 – 1996
Pleno PBNU, sebagai: Anggota. Tahun: 1992 – 1996