Relawan FPI Dibubarkan Polisi dan TNI Saat Bantu Korban Banjir, Munarman Jadi Trending, Ini Profil

Karier ini berlanjut hingga ia menduduki posisi Koordinator Badan Pekerja Kontras dimana ia kemudia berelokasi ke Jakarta dari Aceh.

Pada bulan September 2002, Munarman terpilih sebagai Ketua Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI) setelah YLBHI mengalami kekosongan kepemimpinan selama sembilan bulan.

Saat terpilih Munarman unggul dengan perbandingan suara 17 dari 23 orang, mengalahkan Daniel Panjaitan yang saat itu menjabat Wakil Direktur YLBHI Jakarta.

Munarman sendiri dicalonkan oleh LBH cabang Palembang, Banda Aceh, dan Lampung, sementara Daniel dicalonkan oleh LBH Semarang dan Jakarta.

Munarman dilantik pada bulan berikutnya dan berjanji akan menyatukan anggota-anggota yayasan sebagai langkah pertamanya dan ia dilantik pada bulan Oktober 2002.

Ketua sebelumnya Bambang Widjojanto diberhentikan oleh dewan pengawas YLBHI karena mengusulkan untuk mereformasi yayasan menjadi asosiasi yang lebih berpihak pada keanggotaan.

Hal ini dilakukan sebagai kritik kepada Adnan Buyung Nasution, salah satu pendiri dan ketua dari Dewan Pengawas berpindah haluan dan membela seorang pejabat militer senior yang teridentifikasi sebagai pelaku pelanggaran HAM berat di Timor Timur pada tahun 1999 dengan alasan profesionalisme.

Pemecatan Bambang kemudian diikuti dengan pengunduran diri Wakil Ketua YLBHI, Munir.

Kritik lalu muncul di YLBHI karena Dewan Pengawas lalu langsung menyiapkan tim untuk memilih ketua yang baru.

Kritik paling vokal disuarakan oleh Munarman dan hampir saja posisinya dalam Dewan Pengurus dicopot.

Dalam debat publiknya Munarman menyatakan,

“Untuk membangun demokrasi, kita harus mencari tahu siapa musuh kita, dan berteman... Perbedaan di antara kita adalah bagian dari tradisi. YLBHI tidak akan terpecah karena perbedaan”

Pada Juli 2005 Makamah Konstitusi Indonesia menolak Tinjauan Yuridis yang diajukan oleh Munarman dan kawan-kawan yang tergabung dalam Tim Advokasi Rakyat untuk Hak atas Air terhadap Peraturan Pemerintah No. 7 Mengenai Sumber Daya Air (Peraturan Nomor 7 Tahun 2004) yang dianggap melanggar UUD 1945

Jabatannya sebagai Ketua YLBHI terhenti pada tahun 2006 dengan dilantiknya Patra M. Zen sebagai Ketua Umum Yayasan Lembaga bantuan Hukum Indonesia untuk periode 2006-2011.