Ia tercatat pernah menjabat sebagai Danton Taruna TK I Akpol (1990), Pamapta Polres Bekasi Polda Metro Jaya (1991), Wakapolsekta Bekasi Polda Metro Jaya (1992), Kapolsek Cibitung Polres Bekasi Polda Metro Jaya (1994), dan Pama PTIK (1996).

Selain itu, Perwira Tinggi asal Kendari, Sultra, ini juga sempat menjabat sebagai Kapuskodalops Polres Gianyar Polda Bali (1998), Wakapolres Bangli Polda Bali (2000), Wakapolres Buleleng Polda Bali (2001), Kabag Analis Dit Narkoba Polda Bali (2003), dan Kasat II Dit Reskrim Polda Bali (2004).

Tak sampai di situ, Yan Sultra juga pernah mengisi kursi jabatan sebagai Kasat I Dit Reskrim Polda Bali (2005), Pamen Polda Sultra (2006), Kapolres Bombana Polda Sultra (2008), Kapolres Persiapan Bombana Polda Sultra (2008), dan Dirresnarkoba Polda Sultra (2011).

Karier Yan Sultra makin moncer setelah ia didapuk menjadi Wadirreskrimum Polda Sultra pada 2011.

Pada 2012, ia kemudian diangkat sebagai Dirreskrimsus Polda Sultra

Satu tahun kemudian, Yan ditugaskan menjadi Dosen Akpol Lemdikpol.

Setelah itu, Irjen Yan Sultra diutus untuk menjabat menjadi Dirreskrimsus Polda Sulteng pada 2015.

Irjen Yan juga sempat menjabat sebagai Analis Kebijakan Madya bidang Pidnarkoba Bareskrim Polri dan Kabiddiklat Diklat Reserse Lemdiklat Polri pada 2017.

Semenjak itu, karier jenderal bintang 2 ini makin meroket.

Pada 2019, Yan dipercaya untuk mengemban tugas sebagai Wadirtipidkor Bareskrim Polri

Di tahun yang sama, ia kemudian diamanahkan untuk menjabat sebagai Wakapolda Sultra.

Tak berselang lama, Yan Sultra Indrajaya diangkat menjadi Kapolda Sultra pada 2020.

Satu tahun kemudian, ia dimutasi menjadi Kapolda Kepulauan Bangka Belitung.

Saat itu, Yan menggantikan posisi Irjen Pol. Anang Syarif Hidayat.

Setelah selama 2 tahun menjabat Kapolda Kepulauan Bangka Belitung, Irjen Yan kemudian ditunjuk menjadi Wakil Inspektur Inspektorat Pengawasan Umum Polri menggantikan posisi Komjen Pol. Tornagogo Sihombing.