Dua tahun terakhir di Muallimin Ulya, dia terpilih menjadi ketua umum Ikatan Pelajar Muhammadiyah (IPM).
Dia mengambil ujian persamaan Pendidikan Guru Agama Atas Negeri (PGAA) dan amat mujur karena menjadi juara I, tamat tahun 1960.
Pada tahun 1960, dia melanjutkan pendidikan ke Yogyakarta. Pada seleksi ujian masuk kedua, di Institut Agama Islam Negeri (IAIN) “Sunan kalijaga,” ia cukup beruntung karena dari 200 peserta, ia termasuk salah seorang dari 12 orang peserta yang dinyatakan lulus.
Ia memilih Fakultas Ushuluddin dan lulus Bakaloriat dalam Ushuluddin tahun 1963.
Selama kuliah di Yogyakarta, Nasruddin adalah seorang aktivis Himpunan Mahasiswa Islam (HMI).
Bahkan ia pernah menjabat sebagai Ketua HMI Cabang Yogyakarta. Pada masa inilah, ia banyak berinteraksi dengan Nurcholish Majid atau akrab disapa Cak Nur (Mantan Ketua Umum PB HMI).
Bahkan, setiap berkunjung ke Yogya, Cak Nur sering menginap di kamar kos Nasruddin. Cak Nur senang berkunjung ke sana, karena Nasruddin memiliki koleksi buku yang cukup banyak.
Setiap datang, Cak Nur sering begadang membaca buku-buku tersebut.
Kiai Nas menyelesaikan studi pada Doktoral Lengkap Fakultas Ushuluddin di Jurusan Filsafat IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta pada 1966.
Kiai Nas pernah mengajar di Universitas Diponegoro (UNDIP) di Semarang sebagai dosen Pendidikan Agama Islam.
Ia mengajar di UNDIP dari tahun 1967 sampai dengan tahun 1976. Selama di Semarang ia diamanati menjadi Ketua Majelis Tabligh Muhammadiyah Jawa Tengah.
Kemudian, ia pindah ke Universitas Hasanuddin (UNHAS) di Makassar mulai tahun 1976-2003, tahun pensiun sebagai PNS.
Di Unhas juga selalu mendapat jabatan struktural.
Ia pernah dipercaya Sekretaris Lembaga Studium Generale (1979-1982), Ketua Bagian Studium Generale FIISBUD (1982-1986).
Ketua Jurusan MKDU (1990-1996), Kepala UPT MKU (1998-2003) dan Anggota Senat Universitas sampai pensiun PNS tahun 2003