Ir. Arsyuddin Salam, M.Agr.Fish. (1996-1997)
Ir. Syamsu Alam Ali, M.S. (1997-2001)
Ir. Hamzah Sunusi, M.Sc. (2001-2005)
Prof. Dr. Ir. Sudirman, M.P. (2005-2009)
Prof. Dr. Hj. Niartiningsih, M.P. (2009-2013)
Prof. Dr. Ir. Jamaluddin Jompa, M.Sc. (2013-2017)
Dr. Ir. St. Aisjah Farhum, M.Si (2017-sekarang)
Program Studi Binaan
Sarjana (S1)
-Ilmu Kelautan
Konsentrasi Eksplorasi Sumber Daya Hayati Laut
Konsentrasi Konservasi Sumber Daya Hayati Laut
-Perikanan
Budidaya Perairan
Pemanfaatan Sumber Daya Perikanan
Manajemen Sumber Daya Perairan
Sosial Ekonomi Perikanan
Magister (S2)
Ilmu Perikanan
Pengelolaan Sumber Daya Pesisir Terpadu
Doktor (S3)
Ilmu Perikanan
(Tribun Timur/Anita Wardana)