Melempem di Dua Laga Awal, Pelatih PSM Bela Anco Jansen

Fajar Handika hanya bergabung dengan skuad Joko Tingkir selama setengah musim, setelah itu ia memperkuat Pro Duta FC dan Gresik United pada musim 2014.

Musim 2015, pemain yang berposisi sebagai gelandang bertahan ini bergabung dengan tim Mitra Kukar.

Pada ajang ISC A 2016, Fajar Handika bergabung dengan Madura United dan bermain selama satu musim bersama klub asal Madura tersebut.

Barito Putera menjadi pelabuhan karier berikutnya bagi Fajar Handika.

Ia bermain selama 2 musim bersama Barito Putera dengan tampil sebanyak 41 kali.

Pada musim perdananya bersama Barito Putera, ia menjadi andalan di lini tengah Laskar Antasari.

Namun pada putaran kedua ia lebih sering masuk sebagai pemain pengganti.

Dua musim di Barito Putera, Fajar Handika kemudian melanjutkan kariernya dengan bergabung dengan Kalteng Putra yang pada musim 2019 berkompetisi di Liga 1.

Selama satu musim bermain bersama Kalteng Putra, Fajar Handika menjadi andalan di lini tengah Kalteng Putra dan bermain dalam 29 pertandingan.

Ia kemudian pindah memperkuat Badak Lampung FC yang berkompetisi di Liga 2 musim 2020, namun liga pada musim itu terhenti akibat adanya pandemi.

Menjelang bergulirnya kembali Liga 2 musim 2021, Fajar Handika bergabung dengan tim RANS Cilegon FC.(*)