Resmi di Bawah Kendali Presiden, Simak Sejarah Institusi BIN yang Sudah Berganti Nama hingga 6 Kali

Selanjutnya, 10 November 1959, BKI menjadi Badan Pusat Intelijen (BPI) yang bermarkas di Jalan Madiun, yang dikepalai oleh DR Soebandrio.

Pada era tahun 1960-an hingga akhir masa Orde Lama, pengaruh Soebandrio pada BPI sangat kuat diikuti perang ideologi komunis dan non-komunis di tubuh militer, termasuk intelijen.

Pasca peristiwa 1965, Presiden RI kedua Soeharto yang mengepalai Komando Operasi Pemulihan Keamanan dan Ketertiban (KOPKAMTIB), membentuk Satuan Tugas Intelijen (STI) di seluruh Komando Daerah Militer (Kodam).

Pada tanggal 22 Agustus 1966, Soeharto mendirikan Komando Intelijen Negara (KIN) yang dipimpin oleh Brigjen Yoga Sugomo sebagai kepala.

Kepala Komando Intelijen Negara (KIN) pun bertanggung jawab langsung kepada Soeharto.

Sebagai lembaga Intelijen strategis, maka BPI dilebur ke dalam KIN yang juga memiliki operasi khusus (Opsus) di bawah Letkol Ali Moertopo dengan asisten Leonardus Benyamin Moerdani dan Aloysius Sugiyanto.

Kurang dari setahun, 22 Mei 1967 Soeharto mengeluarkan Keputusan Presiden (Keppres) untuk mendesain KIN menjadi Badan Koordinasi Intelijen Negara (BAKIN).

Mayjen Soedirgo menjadi Kepala BAKIN pertama

Pada masa Mayjen Sutopo Juwono, BAKIN memiliki Deputi II di bawah Kolonel Nicklany Soedardjo, perwira Polisi Militer (POM) lulusan Fort Gordon, AS.

Sebenarnya di awal 1965 Nicklany sudah membentuk unit intel PM, yaitu Detasemen Pelaksana Intelijen (Den Pintel) POM.

Secara resmi, Den Pintel POM menjadi Satuan Khusus Intelijen (Satsus Intel), lalu tahun 1976 menjadi Satuan Pelaksana (Satlak) BAKIN dan di era 1980-an kelak menjadi Unit Pelaksana (UP) 01.

Mulai tahun 1970 terjadi reorganisasi BAKIN dengan tambahan Deputi III Pos Opsus di bawah Brigjen Ali Moertopo.

Sebagai inner circle Soeharto, Opsus dipandang paling prestisius di BAKIN, mulai dari urusan domestik Penentuan Pendapat Rakyat (Pepera) Irian Barat, kelahiran Golongan Karya (Golkar), hingga masalah Indocina.

Tahun 1983, sebagai Wakil Kepala BAKIN, LB Moerdani memperluas kegiatan Intelijen menjadi Badan Intelijen Strategis (BAIS).

Selanjutnya BAKIN tinggal menjadi sebuah direktorat kontra-subversi dari Orde Baru.